Pierwsza pisemna wzmianka o Hejnicach pochodzi z 1381 roku, choć legenda mówi o cudownym uzdrowieniu już w XIII wieku, gdy rodzina sitaża została wyleczona dzięki sprowadzonej tu figurce Matki Bożej. Lokalizacja stopniowo przekształciła się w miejsce pielgrzymek, przy którym w późniejszym czasie wzniesiono kościół i był on kilkakrotnie rozbudowywany.

Po wojnie trzydziestoletniej nastąpił największy rozkwit Hejnic, wraz z przebudową kościoła i powstaniem klasztoru franciszkanów, inicjowanym przez rodzinę Gallasów. W pierwszej połowie XVIII wieku dokonano rozbudowy w stylu barokowym, która nadała obiektom obecny wygląd. Kościół i klasztor częściowo spłonęły w 1761 roku i zostały całkowicie odrestaurowane dopiero na początku XX wieku.

W XIX wieku w miejscowości powstały fabryki (porcelany, papieru i tekstyliów), szkoła, a od 1900 roku poprowadzono linię kolejową. 31 lipca 1917 Hejnice uzyskały prawa miejskie. Po II wojnie światowej liczba mieszkańców spadła, a w kwietniu 1950 roku klasztor został przejęty i przekształcony w obóz internowania dla zakonników. Po renowacji po 1989 roku kompleks ponownie otwarto w 2001 roku jako „Międzynarodowe Centrum Odnowy Duchowej”.

Do zabytków objętych ochroną należą obok klasztoru i kościoła również barokowe kapliczki przydrożne i most przy kościele. Corocznie na początku lata odbywają się Hejnickie Święta.